在禅法中，坐禅是最重要的修行。道元说“只管打坐”，就是说仅仅坐禅就包含了禅的全部。
在《坐禅箴》中，道元对坐禅作了多方面的论述，其开头就有药山禅师的问答：
有一天药山禅师正在坐禅，有僧来问：
“您思量着什么呢？”药山答：
“思量个不思量的。”僧问：
“不思量的如何思量？”药山答：
“非思量。”
从上述分案可知，坐禅中有三种心境：（１）思量，（２）不思量，（３）非思量。
所谓“思量”就是对眼前事物的合理性思考；“不思量”则是将某种思虑冲散的模模糊糊的思想状态，是一种思绪停顿的状态。所谓思量个不思量的，就是观照这种状态，也可以简单地说为“不思量”。
现代人对于什么事都忌讳“模糊不清”，因此寻求具有论理性意义的思想状态——思量，因而我们现代人都是“理性人”。
禅与此相反，表现为“不立文字”。禅不喜欢和呵斥“思量”这种“起伏的思虑”，而要求达到没有起伏躁动的精神状态，这就是“不思量”。之所以呵斥，是因为不能期待由“思量”产生什么精神升华。
通过禅修，由“不思量”能得到“非同寻常的思想境界”称为“非思量”。所谓“非同寻常的思想境界”，是摆脱了个人狭隘心胸的思想境界，是“使于万法得证”的境界。换句话说，就是“佛之智慧”，是与万法融为一体的境界。
前面反复提到的“透脱”即“不思量”，“现成”即“非思量”。否定“思量”称为“不思量”由超越被否定的“思量”而产生更好的思量，即为“非思量”，因而“非”不是否定词，而是具有深意的肯定词。
否定常识，进而把握更好的立场（非），这就是禅。
在《坐禅箴》中，我有一个长期不能理解的地方就是宏智禅师和道元禅师的诗，二诗论述的都是鱼和水、鸟与空。对于坐禅为何要例举鱼和水、鸟和空呢？其深意令人摸不着。特别是道元的诗有这样一段：
“鱼游泳时象鱼游，鸟飞翔时如鸟飞。”
这完全是超脱于我们常识的一种思考方法，正因为如此，才有必要学习这种认识方法。这是道元的核心，表现了他坐禅的特点。
在《坐禅箴》中，除药山禅师的问答外，还例举了马祖与南岳的对话。
马祖是南岳禅师的高足，他总是专心坐禅。南岳知是法器，往问“大德坐禅图什么？”马祖答：“图作佛。”南岳于是捡一砖在庵前石上磨，马祖见了就问：“磨作什么？”南岳答：“磨作镜。”马祖说：“磨砖岂能成镜？”南岳则以讽刺的口气反问：“磨砖既不能成镜，坐禅岂得成佛？”
对于以上二人的问答，道元认为，若能坐下来就能直接成佛，即所谓“坐佛”。道元常常强调“只管打坐”，依据的就是这种认识。
道元以透脱、现成为中心，始终强调“只管打坐”。因此只有依靠坐禅，才能彻底认识他难以理解的思想。
